Pejabat DYMM Tuanku Raja Perlis mempunyai sejarah institusinya sejak pemerintahan Raja Perlis Ke-4 iaitu Raja Syed Alwi Jamalullail (1905-1943). Baginda mempunyai iltizam yang tinggi terhadap pemodenan sistem pentadbiran kerajaan sebagai kesinambungan terhadap pembangunan infrastruktur negeri Perlis yang telah dipelopori oleh Ayahanda baginda iaitu Raja Syed Saffi Jamalullail.
Raja Syed Alwi Jamalullail telah berkenan mewujudkan dan mempengerusikan sendiri Majlis Mesyuarat Kerajaan Perlis tidak lama selepas menaiki takhta kerajaan negeri. Antara pembaharuan yang telah dilaksanakan ialah penubuhan dan naik taraf beberapa agensi kerajaan negeri termasuklah pejabat ini yang ketika itu dikenali sebagai Pejabat Raja dan Penasihat. Selain itu, baginda turut memperkenankan pembinaan Istana Arau sebagai istana rasmi Raja Pemerintah Negeri Perlis.
Semasa pemerintahan Raja Perlis Ke-6 iaitu Tuanku Syed Putra Jamalullail, pejabat ini telah berkembang sejajar dengan pelantikan anakanda baginda sebagai Raja Muda Perlis pada tahun 1960 dan urusan hal ehwal Raja Muda Perlis mula diletakkan di bawah pentadbiran pejabat ini.
Pejabat ini pernah mengalami kebakaran pada tahun 1966 dan bangunan yang baharu siap dibina semula di tapak yang sama pada tahun 1974. Pentadbiran istana terus kekal di bangunan ini sehinggalah pada tahun 2004 apabila bangunan ini dirobohkan dan dibina semula dengan kemasan yang lebih terampil serta kemudahan yang serba lengkap. Sebuah galeri yang dikenali sebagai Galeri Diraja Arau turut ditempatkan di bangunan ini yang mempamerkan koleksi barangan dan salasilah diraja Perlis. Bangunan ini telah disempurnakan perasmiannya oleh Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong XII Tuanku Syed Sirajuddin Ibni Almarhum Tuanku Syed Putra Jamalullail pada 4 Mei 2005 dan pejabat ini terus beroperasi di bangunan ini sehingga kini. Pejabat ini diketuai oleh seorang Setiausaha Sulit Kanan Kepada DYMM Tuanku Raja Perlis yang mestilah terlebih dahulu diperkenankan pelantikannya oleh DYMM Tuanku Raja Perlis sendiri.